Un sous variant d’Omicron qui serait plus transmissible qu’Omicron, mais peut-être pas plus virulent que celui-ci, ni plus résistant aux vaccins. Une propagation planétaire en vue et des vagues actuelles plus fortes et plus longues que prévues, mais espérons sans plus d’impacts.
Un sous variant qui nécessite, selon les connaissances et données disponibles à ce jour, plus de vigilance que d’inquiétude, mais qui rappelle que tant que la pandémie est là, le seul moyen d’éviter les mauvaises surprises c’est la vaccination et le respect des mesures barrières.
Le sous variant BA.2 d’Omicron n’est pas un nouveau variant proprement dit, mais un sous variant de la même lignée d’Omicron. Le sous variant BA.1 dominant depuis quelques semaines et ce sous variant appelé BA.2 qui appartient à la même lignée mais comporte une trentaine de mutations de plus que l’omicron « original », dont presque une dizaine sur la protéine Spike qui permet l’entrée du virus dans la cellule humaine et qui est aussi la cible des vaccins.
La communauté scientifique soupçonne ce sous variant d’être plus transmissible que l’Omicron « original » BA.1, qui lui-même est déjà hautement contagieux et responsable de ces grandes vagues qui frappent plusieurs pays. BA.2 a été détecté pour la première fois en Chine le 31 décembre dernier sur un homme qui revenait de l’inde, est déjà présent aujourd’hui dans plus de 40 pays dont Israël, les USA, le Canada, le Danemark, l’Australie, l’Afrique du Sud, la Grande Bretagne, la France. Cette propagation planétaire est un premier indicateur de forte transmissibilité. Au Danemark ce sous variant a plus que doublé son taux en l’espace de moins de trois semaines en passant de 20% à 45% des variants détectés. Et au moment où le Danemark devrait connaitre une décélération de la vague Omicron, celle-ci a subitement repris, certainement sous l’effet de BA.2. Les scientifiques pensent aussi que la persistance de la vague en France au-delà des prévisions serait peut-être en liaison avec ce sous variant.
Sur le plan virulence les premières observations de la l’évolution de la situation épidémique en Inde, d’où BA.2 est soupçonné être originaire, et au Danemark, où il est devenu majoritaire, laissent supposer que la virulence serait la même qu’Omicron. Même si rien n’est encore certain, la résistance aux vaccins et à l’immunité acquise par une infection antérieure, ne serait pas différente de celle d’Omicron.
Si les tests de dépistage sont efficaces pour détecter les infections par ce sous variant, ce denier échappe malheureusement au criblage par PCR, qui est une méthode intermédiaire entre une PCR normale qui ne reconnait pas les variants et le séquençage long et couteux qui donne une cartographie exacte de la structure du virus avec toutes ses mutations. Certains kits de criblage prennent AB.2 pour Delta, d’autres le prennent pour la version BA.1 d’Omicron. Le suivi de la propagation de BA.2 s’en trouve affecté, en attendant une mise à jour de kits adaptés. Le séquençage reste bien sur efficace dans le suivi.
Si les données de contagiosité de BA.2 beaucoup supérieure à Omicron se confirment, il se propagera vite à l’échelle planétaire en quelques semaines. Avec une virulence et un échappement immunitaire qui seraient similaires à Omicron ce sous variant ne risquerait pas dramatiser l’évolution de la pandémie, sauf rendre les vagues actuelles plus hautes et plus longues que prévues.
Mais rien n’est encore certain. Une raison de plus de rester vigilant, respecter les mesures barrières individuelles et collectives, se faire vacciner selon un schéma complet. L’émergence de ce sous variant nous rappelle une vérité qu’on a tendance à oublier après chaque vague : la pandémie est toujours là, et on ne peut admettre qu’elle est derrière nous qu’une fois le virus ne circule plus d’une manière épidémique grâce la vigilance de toutes et de tous, au respect des mesures barrières et à la vaccination large, rapide et compète.
Un sous variant qui nécessite, selon les connaissances et données disponibles à ce jour, plus de vigilance que d’inquiétude, mais qui rappelle que tant que la pandémie est là, le seul moyen d’éviter les mauvaises surprises c’est la vaccination et le respect des mesures barrières.
Le sous variant BA.2 d’Omicron n’est pas un nouveau variant proprement dit, mais un sous variant de la même lignée d’Omicron. Le sous variant BA.1 dominant depuis quelques semaines et ce sous variant appelé BA.2 qui appartient à la même lignée mais comporte une trentaine de mutations de plus que l’omicron « original », dont presque une dizaine sur la protéine Spike qui permet l’entrée du virus dans la cellule humaine et qui est aussi la cible des vaccins.
La communauté scientifique soupçonne ce sous variant d’être plus transmissible que l’Omicron « original » BA.1, qui lui-même est déjà hautement contagieux et responsable de ces grandes vagues qui frappent plusieurs pays. BA.2 a été détecté pour la première fois en Chine le 31 décembre dernier sur un homme qui revenait de l’inde, est déjà présent aujourd’hui dans plus de 40 pays dont Israël, les USA, le Canada, le Danemark, l’Australie, l’Afrique du Sud, la Grande Bretagne, la France. Cette propagation planétaire est un premier indicateur de forte transmissibilité. Au Danemark ce sous variant a plus que doublé son taux en l’espace de moins de trois semaines en passant de 20% à 45% des variants détectés. Et au moment où le Danemark devrait connaitre une décélération de la vague Omicron, celle-ci a subitement repris, certainement sous l’effet de BA.2. Les scientifiques pensent aussi que la persistance de la vague en France au-delà des prévisions serait peut-être en liaison avec ce sous variant.
Sur le plan virulence les premières observations de la l’évolution de la situation épidémique en Inde, d’où BA.2 est soupçonné être originaire, et au Danemark, où il est devenu majoritaire, laissent supposer que la virulence serait la même qu’Omicron. Même si rien n’est encore certain, la résistance aux vaccins et à l’immunité acquise par une infection antérieure, ne serait pas différente de celle d’Omicron.
Si les tests de dépistage sont efficaces pour détecter les infections par ce sous variant, ce denier échappe malheureusement au criblage par PCR, qui est une méthode intermédiaire entre une PCR normale qui ne reconnait pas les variants et le séquençage long et couteux qui donne une cartographie exacte de la structure du virus avec toutes ses mutations. Certains kits de criblage prennent AB.2 pour Delta, d’autres le prennent pour la version BA.1 d’Omicron. Le suivi de la propagation de BA.2 s’en trouve affecté, en attendant une mise à jour de kits adaptés. Le séquençage reste bien sur efficace dans le suivi.
Si les données de contagiosité de BA.2 beaucoup supérieure à Omicron se confirment, il se propagera vite à l’échelle planétaire en quelques semaines. Avec une virulence et un échappement immunitaire qui seraient similaires à Omicron ce sous variant ne risquerait pas dramatiser l’évolution de la pandémie, sauf rendre les vagues actuelles plus hautes et plus longues que prévues.
Mais rien n’est encore certain. Une raison de plus de rester vigilant, respecter les mesures barrières individuelles et collectives, se faire vacciner selon un schéma complet. L’émergence de ce sous variant nous rappelle une vérité qu’on a tendance à oublier après chaque vague : la pandémie est toujours là, et on ne peut admettre qu’elle est derrière nous qu’une fois le virus ne circule plus d’une manière épidémique grâce la vigilance de toutes et de tous, au respect des mesures barrières et à la vaccination large, rapide et compète.
Tayeb Hamdi
Médecin et chercheur en systèmes et politiques de santé
