Après la traque quotidienne des nouveaux cas de Coronavirus qui a rythmé la vie des Marocains depuis mars 2020, se profile actuellement une nouvelle traque : celle des nouveaux variants du Covid-19. Si les activités de séquençage génomique du Coronavirus au Maroc ont commencé en mai dernier, ce n’est que mardi que le ministère de la Santé a annoncé la mise en place d’un Consortium de laboratoires dont la mission sera d’identifier les variants qui circulent dans le Royaume et de les caractériser par séquençage génomique. Mis en place dans le cadre de la stratégie de veille génomique du nouveau Coronavirus SARS-CoV, le consortium est composé du laboratoire de référence de la grippe et des virus respiratoires de l’Institut National d’Hygiène, du laboratoire de BioTechnologie médicale de la Faculté de médecine et de pharmacie de Rabat, de la plateforme génomique fonctionnelle du Centre national de recherche scientifique ainsi quede l’Institut Pasteur de Casablanca.
Premiers cas détectés
« Le séquençage des souches de SARS-CoV2 collectées des différents laboratoires publics et privés, y compris les laboratoires mobiles et les laboratoires à bord de navires transportant les passagers en provenance d’Europe vers le Maroc, se fait de façon continue entre les laboratoires du consortium », souligne un communiqué du ministère de la Santé. La même source précise que « tout variant étranger est ainsi déclaré aux Directions compétentes et un communiqué de presse est publié par le ministère de la Santé pour informer sur le type de variant détecté et les mesures prises pour interrompre sa propagation». Samedi 20 février, soit cinq jours après l’annonce officielle du lancement de la plateforme de séquençage de la Coalition, un premier communiqué a été diffusé pour annoncer la détection de 21 nouvelles contaminations par la souche anglaise. « Ainsi, le nombre total des cas de ce variant s’élève à 24 souches décelées à ce jour », explique le communiqué du ministère de la Santé.
Absence des autres variants
La présence du variant anglais a été détectée la première fois au Maroc le 18 janvier 2021. L’Institut national d’hygiène avait alors déclaré que cette souche avait été identifiée chez un citoyen marocain rentrant d’Irlande ainsi que chez deux autres personnes de sa famille. Les trois individus avaient alors été pris en charge conformément aux protocoles sanitaires en vigueur. Si les 21 cas de personnes contaminées par la souche anglaise annoncés par le communiqué du ministère de la Santé confirment que ce variant a, malgré les efforts, pu s’infiltrer et se propager dans le territoire marocain, les autorités sanitaires affirment cependant que « le dispositif de la veille génomique n’a détecté, à ce jour, aucun variant sud-africain ni brésilien ». La technique utilisée pour détecter les nouvelles souches ne se limite pas aux seuls variants connus : « Le séquençage génomique permet non seulement d’identifier les variants, déjà décrits, mais également de détecter, Dieu nous en garde, d’éventuelles souches inconnues jusqu’à aujourd’hui », précise Dr Filali Mounir, biologiste et directeur du laboratoire G Lab.
L’appel à la vigilance
Ainsi, à l’instar des communiqués quotidiens qui annoncent le nombre des nouveaux cas du Covid-19, s’ajoute un nouveau tableau de bord qui précisera les cas relatifs aux nouveaux variants détectés grâce aux efforts de séquençage génomique. Ce dispositif confirme par ailleurs la mise en conformité du Royaume avec les recommandations de l’OMS qui a récemment rappelé l’importance d’une couverture géographique du séquençage génétique, ainsi que la nécessité de « partager les données relatives aux séquences génétiques dans des bases de données accessibles au public ». Un an après le début de la crise sanitaire au Maroc, et malgré l’introduction des vaccins, le ministère de la Santé rappelle aux citoyens que le virus de la Covid-19 continue de sévir dans notre pays et réitère son appel à l’ensemble des citoyens pour se conformer strictement aux mesures préventives et sanitaires.
Premiers cas détectés
« Le séquençage des souches de SARS-CoV2 collectées des différents laboratoires publics et privés, y compris les laboratoires mobiles et les laboratoires à bord de navires transportant les passagers en provenance d’Europe vers le Maroc, se fait de façon continue entre les laboratoires du consortium », souligne un communiqué du ministère de la Santé. La même source précise que « tout variant étranger est ainsi déclaré aux Directions compétentes et un communiqué de presse est publié par le ministère de la Santé pour informer sur le type de variant détecté et les mesures prises pour interrompre sa propagation». Samedi 20 février, soit cinq jours après l’annonce officielle du lancement de la plateforme de séquençage de la Coalition, un premier communiqué a été diffusé pour annoncer la détection de 21 nouvelles contaminations par la souche anglaise. « Ainsi, le nombre total des cas de ce variant s’élève à 24 souches décelées à ce jour », explique le communiqué du ministère de la Santé.
Absence des autres variants
La présence du variant anglais a été détectée la première fois au Maroc le 18 janvier 2021. L’Institut national d’hygiène avait alors déclaré que cette souche avait été identifiée chez un citoyen marocain rentrant d’Irlande ainsi que chez deux autres personnes de sa famille. Les trois individus avaient alors été pris en charge conformément aux protocoles sanitaires en vigueur. Si les 21 cas de personnes contaminées par la souche anglaise annoncés par le communiqué du ministère de la Santé confirment que ce variant a, malgré les efforts, pu s’infiltrer et se propager dans le territoire marocain, les autorités sanitaires affirment cependant que « le dispositif de la veille génomique n’a détecté, à ce jour, aucun variant sud-africain ni brésilien ». La technique utilisée pour détecter les nouvelles souches ne se limite pas aux seuls variants connus : « Le séquençage génomique permet non seulement d’identifier les variants, déjà décrits, mais également de détecter, Dieu nous en garde, d’éventuelles souches inconnues jusqu’à aujourd’hui », précise Dr Filali Mounir, biologiste et directeur du laboratoire G Lab.
L’appel à la vigilance
Ainsi, à l’instar des communiqués quotidiens qui annoncent le nombre des nouveaux cas du Covid-19, s’ajoute un nouveau tableau de bord qui précisera les cas relatifs aux nouveaux variants détectés grâce aux efforts de séquençage génomique. Ce dispositif confirme par ailleurs la mise en conformité du Royaume avec les recommandations de l’OMS qui a récemment rappelé l’importance d’une couverture géographique du séquençage génétique, ainsi que la nécessité de « partager les données relatives aux séquences génétiques dans des bases de données accessibles au public ». Un an après le début de la crise sanitaire au Maroc, et malgré l’introduction des vaccins, le ministère de la Santé rappelle aux citoyens que le virus de la Covid-19 continue de sévir dans notre pays et réitère son appel à l’ensemble des citoyens pour se conformer strictement aux mesures préventives et sanitaires.
Oussama ABAOUSS
3 questions à Dr Mounir Filali, biologiste
Dr Mounir Filali
« La collecte des prélèvements se fait d’une manière extrêmement bien organisée »
Biologiste et directeur du laboratoire G Lab, Dr Mounir Filali a répondu à nos questions sur la participation des laboratoires privés à la détection des nouveaux variants du Coronavirus.
- Quel est l’apport des laboratoires privés aux efforts de séquençage génomique des nouveaux variants ?
- Dans le cadre de notre collaboration aux efforts de lutte contre la pandémie, notre laboratoire (comme beaucoup d’autres laboratoires privés) envoie des prélèvements positifs chaque semaine à l’Institut National d’Hygiène (INH) qui prend ensuite le relai pour faire le séquençage des gènes. Cette collecte des prélèvements à l’échelle du pays se fait d’une manière extrêmement bien organisée.
- Comment choisissez-vous les prélèvements à envoyer à la plateforme de séquençage génomique ?
- Nous nous basons sur un certain nombre d’éléments afin d’envoyer les prélèvements de patients que nous suspectons d’être contaminés par des variants. Il y a évidemment le critère des patients qui arrivent de pays où circulent des variants, mais également d’autres éléments techniques, qui, toutefois, ne comportent pas une réelle objectivité scientifique, car une étude approfondie reste nécessaire pour vérifier si les cas concernés sont vraiment contaminés par des variants.
- Le séquençage génomique a-t-il des points communs avec l’analyse PCR ?
- Les deux sont réalisés par des profils spécialisés en biologie moléculaire. Le séquençage génomique nécessite cependant plus de ressources techniques, de temps d’analyse et de moyens. Il existe actuellement deux moyens de détecter les nouveaux variants : le séquençage complet du génome et un type de PCR qu’on appelle « de criblage ». Cette dernière méthode n’est pas encore disponible au Maroc, mais nous espérons l’avoir prochainement pour optimiser encore plus la contribution des laboratoires privés à la détection des variants. À noter que les tests PCR de criblage, qui sont plus élaborés que les PCR classiques, permettront de détecter les variants en amont, mais une confirmation par séquençage sera toujours nécessaire pour confirmer le résultat.
Biologiste et directeur du laboratoire G Lab, Dr Mounir Filali a répondu à nos questions sur la participation des laboratoires privés à la détection des nouveaux variants du Coronavirus.
- Quel est l’apport des laboratoires privés aux efforts de séquençage génomique des nouveaux variants ?
- Dans le cadre de notre collaboration aux efforts de lutte contre la pandémie, notre laboratoire (comme beaucoup d’autres laboratoires privés) envoie des prélèvements positifs chaque semaine à l’Institut National d’Hygiène (INH) qui prend ensuite le relai pour faire le séquençage des gènes. Cette collecte des prélèvements à l’échelle du pays se fait d’une manière extrêmement bien organisée.
- Comment choisissez-vous les prélèvements à envoyer à la plateforme de séquençage génomique ?
- Nous nous basons sur un certain nombre d’éléments afin d’envoyer les prélèvements de patients que nous suspectons d’être contaminés par des variants. Il y a évidemment le critère des patients qui arrivent de pays où circulent des variants, mais également d’autres éléments techniques, qui, toutefois, ne comportent pas une réelle objectivité scientifique, car une étude approfondie reste nécessaire pour vérifier si les cas concernés sont vraiment contaminés par des variants.
- Le séquençage génomique a-t-il des points communs avec l’analyse PCR ?
- Les deux sont réalisés par des profils spécialisés en biologie moléculaire. Le séquençage génomique nécessite cependant plus de ressources techniques, de temps d’analyse et de moyens. Il existe actuellement deux moyens de détecter les nouveaux variants : le séquençage complet du génome et un type de PCR qu’on appelle « de criblage ». Cette dernière méthode n’est pas encore disponible au Maroc, mais nous espérons l’avoir prochainement pour optimiser encore plus la contribution des laboratoires privés à la détection des variants. À noter que les tests PCR de criblage, qui sont plus élaborés que les PCR classiques, permettront de détecter les variants en amont, mais une confirmation par séquençage sera toujours nécessaire pour confirmer le résultat.
Recueillis par O. A.
Encadré
International : L’OMS met en garde contre la propagation des variants du Covid-19
Selon le bulletin épidémiologique hebdomadaire de l’OMS, le variant britannique, beaucoup plus contagieux que la souche originelle du Covid-19, est désormais présent dans 94 pays alors qu’il n’était signalé que dans 50 pays au 12 janvier dernier. À la date du mardi 16 février, ces 94 pays - localisés dans les six régions de l’Organisation Mondiale de la Santé - ont signalé soit des cas importés, soit une transmission communautaire de ce variant.
Une transmission locale du variant britannique a été d’ailleurs signalée dans au moins 47 pays dans les six régions de l’OMS. Parmi les échantillons testés en Europe, la proportion de cas infectés par le variant britannique a augmenté au cours des dernières semaines. Selon l’OMS, cela indique «une transmission communautaire dans un certain nombre de pays». Si plusieurs pays européens ont signalé une baisse globale des nouvelles infections, probablement due à une combinaison importante de mesures de santé publique et de mesures sociales, «la majorité des pays européens continuent de connaître des taux de notification élevés ou en augmentation parmi les groupes d’âge plus âgés et/ou des taux de mortalité élevés», fait observer l’agence onusienne. Le bulletin épidémiologique hebdomadaire de l’OMS souligne par ailleurs que le variant sud-africain du Coronavirus a pour sa part été enregistré dans 46 pays, soit deux pays de plus depuis la semaine dernière. Enfin, le variant brésilien a été détecté dans 21 pays, dans cinq des six régions de l’OMS, soit six pays de plus en une semaine.
Selon le bulletin épidémiologique hebdomadaire de l’OMS, le variant britannique, beaucoup plus contagieux que la souche originelle du Covid-19, est désormais présent dans 94 pays alors qu’il n’était signalé que dans 50 pays au 12 janvier dernier. À la date du mardi 16 février, ces 94 pays - localisés dans les six régions de l’Organisation Mondiale de la Santé - ont signalé soit des cas importés, soit une transmission communautaire de ce variant.
Une transmission locale du variant britannique a été d’ailleurs signalée dans au moins 47 pays dans les six régions de l’OMS. Parmi les échantillons testés en Europe, la proportion de cas infectés par le variant britannique a augmenté au cours des dernières semaines. Selon l’OMS, cela indique «une transmission communautaire dans un certain nombre de pays». Si plusieurs pays européens ont signalé une baisse globale des nouvelles infections, probablement due à une combinaison importante de mesures de santé publique et de mesures sociales, «la majorité des pays européens continuent de connaître des taux de notification élevés ou en augmentation parmi les groupes d’âge plus âgés et/ou des taux de mortalité élevés», fait observer l’agence onusienne. Le bulletin épidémiologique hebdomadaire de l’OMS souligne par ailleurs que le variant sud-africain du Coronavirus a pour sa part été enregistré dans 46 pays, soit deux pays de plus depuis la semaine dernière. Enfin, le variant brésilien a été détecté dans 21 pays, dans cinq des six régions de l’OMS, soit six pays de plus en une semaine.
Repères
Les premiers séquençages faits au Maroc
En mai 2020, des scientifiques marocains ont pu analyser plus de 3.000 génomes du virus Covid-19, dans le cadre d’un projet national visant à déchiffrer le code du virus Covid présent au Maroc. Ce travail a été mené par une Coalition constituée des chercheurs du laboratoire de Biotechnologie médicale de la Faculté de Médecine et de Pharmacie de Rabat, de la Faculté des Sciences de Rabat, du pôle des Urgences médicochirurgicales de l’hôpital d’Instruction militaire Mohammed V et de l’université Mohammed VI des sciences de la santé.
Un nouveau variant tunisien ?
Les autorités sanitaires tunisiennes ont annoncé, samedi, avoir découvert un nouveau variant du C-19 dans le pays. Le directeur général de la Santé en Tunisie, Faycel Ben Salah, a annoncé que ce nouveau variant a été détecté chez un septuagénaire décédé et un jeune homme asymptomatique. Faycel Ben Salah a fait savoir que les résultats préliminaires des analyses n’ont pas montré une dangerosité particulière de la version mutée. Il a ajouté que l’opération de séquençage et d’identification se poursuit conformément aux recommandations en vigueur.
